L’histoire du nouveau film se déroule dans la forêt d’Okoya, un paradis Pokémon protégé par des règles strictes qui interdisent aux étrangers de mettre le pied à l’intérieur……
14 ans se sont écoulés depuis la fin du second film, Asuka est chargée, en compagnie de Mari, de récupérer le Tesseract dans lequel est scellé l’EVA-01, lorsqu’elle est intercepté…